Una de las piezas fundamentales para el desarrollo del proyecto musical de San Nicolás es su órgano, ya que su sonoridad se mantiene en perfectas condiciones.

Se trata de uno de los tres órganos barrocos que se conservan en Valencia. Data de finales del siglo XVIII y sin haber cambiado nunca su ubicación, ha vivido diferentes reformas. En 1936, durante la guerra, estuvo a punto de desaparecer y por ello fue reconstruido a finales del siglo XX. Se crearon elementos como los teclados, los tubos, la silla y la consola, manteniendo el mismo estilo artístico.

El equipo de organeros de Blancafort estuvo a cargo de la restauración, de la que se celebró su 25 aniversario en 2021. Actualmente es este equipo el encargado de conservar y mantener el instrumento en perfectas condiciones afinándolo y realizando sus labores de limpieza.

El órgano emite notas musicales neobarrocas a través de más de 2.000 tubos que lo componen y posee una nueva planta dentro de los restos del antiguo, manteniendo características similares al original como la tracción mecánica, la distribución tradicional de los cuerpos o la sonoridad barroca.